也許是因為這些原因

1、首先要說一下初期的雙方的定位。《數碼寶貝》在初期是由萬代設計出來的電子寵物，後來為了擴大這個IP的價值，不斷延伸至遊戲、動畫、漫畫、以及周邊手辦等各個領域。而《寶可夢》一開始則是由遊戲開始發行，由著名遊戲廠商任天堂發行，後來改編遊戲發展動畫、漫畫等各方面，由於發行商是當時在國際上非常有名氣的任天堂，所以從一開始的產品來說，寶可夢在初期取得人氣應該是比數碼寶貝高的（這裡僅算出動畫之前的人氣）。

2、雙方初期動畫的表現。如果以我們現在看無印篇（寶可夢第一季）來說，因為童年情懷的加成所以重新看還是非常有趣的，但是如果是對比第一部《數碼寶貝》的話，可能是有些不如的。《數碼寶貝》第一季所表現出來的吸引力是比寶可夢動畫可能會更高。但是在當時卻往往的相反，因為寶可夢是比數碼寶貝先兩年播放的，並且擁有著結實的遊戲基礎，所以在一開始就有著一定的差距。後面的《數碼寶貝》第三部表現依然可圈可點，甚至一度被眾人所看好，但卻是人氣下降的開始，而《寶可夢》因為有遊戲的支援，所以人氣方面一直保持較高的人氣。這時雙方已經有著非一般的差距。

3、再來就是提一下雙方的定位。雖然《數碼寶貝》在初期的定位是電子寵物，但是後續發展的世界觀，設定數碼網路中的一種存在，而且在動畫中也並非向著“寵物”這個比較輕鬆的定位發展。而是大部分冒險旅行，拯救世界這種劇情。相反寶可夢一直都是輕鬆旅行，收集精靈，這些比較輕鬆娛樂的題材，而且寶可夢的動畫一直都是同一世界觀（主角一直都是小智），這也導致了動畫初期的粉絲有一部分是可以完整的保留下來。