進口二類醫療器械的註冊部門是

國藥監部門。
我國《醫療器械註冊與備案管理辦法》規定，進口第二類、第三類醫療器械由國家藥品監督管理局審查，批准後發給醫療器械註冊證。
法律依據：《醫療器械註冊與備案管理辦法》第八條：1、第一類醫療器械實行產品備案管理。
第二類、第三類醫療器械實行產品註冊管理。
境內第一類醫療器械備案，備案人向設區的市級負責藥品監督管理的部門提交備案資料。
2、境內第二類醫療器械由省、自治區、直轄市藥品監督管理部門審查，批准後發給醫療器械註冊證。
3、境內第三類醫療器械由國家藥品監督管理局審查，批准後發給醫療器械註冊證。
4、進口第一類醫療器械備案，備案人向國家藥品監督管理局提交備案資料。
5、進口第二類、第三類醫療器械由國家藥品監督管理局審查，批准後發給醫療器械註冊證。